Расхождение между выпиской и вашими записями — это нормально: оплата внесена сегодня, а деньги приходят завтра; комиссия видна в банке раньше, чем у вас. Проблема не в разнице, а в том, что её нельзя объяснить.
Плохое решение — занести каждую строку выписки прямо в учёт. Тогда одна и та же оплата попадёт дважды и баланс клиента исказится.
Правильный порядок: загрузить выписку в отдельную область, сопоставить строки со своими записями, разобрать остаток. Kumpara при загрузке ничего не проводит: предлагает сопоставления по сумме и дате, решаете вы. Повторная загрузка того же файла дублей не создаёт.