Расхождение по итогам инвентаризации редко означает, что товар унесли. Гораздо чаще причина в том, что товар ушёл со склада без записи: отдали образец, пришёл возврат, двое ввели одну и ту же отгрузку дважды.
Практичнее всего привязывать движение склада к документам: товар списывается по накладной и приходует по проведённому счёту закупки. Там, где остаток правят вручную, расхождения накапливаются.
Второе — не списывать одно и то же дважды. Когда вы выставляете счёт на уже отгруженный товар, остаток не должен уменьшаться повторно. Kumpara держит общее списание по строке равным наибольшей из отгруженной и выставленной величин.
И наконец, фиксируйте расхождение инвентаризации как движение: должно быть видно, когда, кто и на сколько скорректировал.